Конрад начал писать роман в 1894 году, во время ожидания ответа издателя Fisher Unwin по поводу «Каприза Олмейера». В письме своей тёте, он сообщал, что задумал роман о двух изгоях: белом и малайце. Изгоем-малайцем должен был стать герой «Каприза Олмейера» Бабалачи, а белым «друг Олмейера». В письме, Конрад так же писал, что пока никак не может придумать в чём будет состоять основной конфликт романа.

В октябре первый роман Конрада был принят к публикации, однако писатель всё ещё не оставлял намерений получить командование морским кораблём. Он был так занят поисками места капитана, что практически перестал работать над «Изгнанником».

Известно, что изначально Конрад задумывал роман как короткую приключенческую повесть для журнальной публикации. Во время работы над романом, Конрад внимательно читал отзывы на свой первый роман, которые были в основном положительными. Конрад расширяет первоначальный замысел, что бы соответствовать требованиям серии «Pseudonym Library» издательства T. Fisher Unwin[4]. Именно в это время Конрад принимает окончательное решение завершить свою карьеру моряка и стать профессиональным писателем. Роман был завершён 14 сентября 1895 года.

Как и при написании предыдущего романа «Каприз Олмейра», Конрад использовал реально существовавших людей в качестве прототипов своих персонажей, не меняя, или слегка изменяя их имена. Так, Конрад по всей видимости был знаком с реальным Бабалачи во время своей службы на Видаре. Фредерик Карл считал, что прототипом Жоанны, жены Виллемса, была жена реального Олмейера Жоанна. Прототипом Виллемса послужил Карел дэ Вир.

В начале романа Питер Виллемс довольный собой и своей жизнью молодой человек, работающий клерком в компании Хадинга в Малайзии. Работу он получил по протекции капитана Тома Лингарда, с которым познакомился в ранней юности. Том Лингард взял тогда на себя заботу над юношей сбежавшим с корабля. Виллемс проворачивает некие дела на деньги компании, которые как он надеется будут только способствовать его дальнейшему успеху.

Внезапно о «делах» Виллемса становится известно Хаддингу, который сразу же выгоняет Виллемса из своей фирмы. Виллемс находится в полнейшем отчаянии — все, включая его жену, отворачиваются от него. В этот момент его встречает Том Лингард. Пораздумав, Лингард отправляет Виллемса в Самбир, место где он имеет монополию на торговлю. Там уже живёт и обеспечивает интересы Лингарда другой сотрудник Олмейер.

Олмейер и Виллемс не ладят друг с другом. В это же время, читателю становится известно о некоем заговоре, который готовит арабский авантюрист Бабалачи. Бабалачи мечтает разрушить монополию Лингарда, открыв безопасный морской путь в Самбир. Виллемс встречает дочь старого слепого арабского пирата Омара Аиссу, в которую без памяти влюбляется. Он покидает аванпост Олмейра и уходит жить к Омару.

Спустя пять недель Виллемс возвращается к Олмейру, что бы сообщить тому о готовящемся заговоре Бабалачи. Кроме того, Виллемс предлагает Олмейру разделить бизнес. Олмейер отказывается, и кроме того оскорбляет Виллемса, припоминая тому его поведение в фирме Худинга.

Бабалачи вместе с Омаром привлекают к своему заговору арабского торговца Абдуллу, который тоже хочет разрушить монополию Лингарда. Абдулла пытается склонить Виллемса на свою сторону. Виллемс чувствует себя загнанным в ловушку. Он любит Аиссу, но и не хочет перестать быть европейцем. Виллемс предлагает Аиссе бежать с ним, но она отказывается.

Виллемс помогает Абдулле провести свой корабль в Самбир. Абдулла уничтожает порох в складах Олмейра.

Лингард теряет свой корабль. Теперь его единственная надежда найти золотую жилу в верховьях реки в Самбире. Он пребывает в Самбир с женой Виллемса. Узнав о происшедшем здесь, он ищет Виллемса, что бы убить его. Однако увидев его, и его отношения с Аиссой (которую Виллемс ненавидит так же как совсем недавно любил), отказывается сделать это, не смотря на просьбу самого Виллемса «спасти» его.

Виллемс в отчаянии. К нему добирается его жена. Виллемс в замешательстве соглашается вернуться к жене. Аиса стреляет в него и убивает.